کاست گرفتن

با سقوط ایلخانان، شهر میان حاکمان محلی یعنی آل مظفر و آل اینجو دست‌به‌دست شد و این وضعیت به‌شدت از رونق آن کاست. نهایتاً، تیمور در ۷۸۹ قمری به شهر را تصرف کرد و عدهٔ زیادی از مردم را کشت. با این حال، در دوران تیموری (طی قرن نهم هجری) این مسجد همچنان اهمیت خود را حفظ کرد. حاکمان در چند قسمت تغییراتی به وجود آوردند و نماهایی از مسجد را هم تزئین کردند. در قسمت جنوب غربی شبستانی ساخته شد که به‌خاطر قرار گرفتن در خارج از دیوار خشتی قرن سوم ه‍.ق آن را تخریب کردند و ستون‌هایی جایگزین کردند تا ارتباط شبستان فعلی با شبستان قبلی از دست نرود. شبستانی که در دورهٔ تیموری ساخته شد، کاملاً ساده بود و تزئین خاصی نداشت و حتی ستون‌های آن نیز فاقد تزئینات برجسته بودند. با ایجاد این شبستان، دسترسی به غرب مسجد تغییراتی یافت و راهرویی جدید به‌وسیلهٔ ستون و طاق‌نما، با ضخامت بسیار ایجاد شد که قسمت غربی را به حیاط اصلی متصل می‌کرد. سردر این راهرو را در دوران صفوی تزئین کردند.