معنی کلمه نائینی محمدحسین در دانشنامه اسلامی
او تحصیلات ابتدایی را در زادگاه خود، نائین اصفهان، در محضر پدرش حاج میرزا عبدالرحیم آغاز کرد.
پس از فراگیری مقدمات علوم و برای تحصیل سطوح عالیه و خارج، به حوزۀ نجف رهسپار گردید و در ردیف شاگردان نامدار آیت الله حاج میرزا محمد حسن شیرازی بزرگ و مرحوم آیت الله سید محمد اصفهانی قرار گرفت و در درس آیت الله آخوند ملا محمد کاظم خراسانی به عنوان ادب و احترام حضور به هم رساند.
آیت الله نائینی، یکی از بزرگترین و نامورترین مراجع عصر خویش و یکی از محققین نامی در اصول و فقه است. او را مجدّد علم اصول و نوآور آن نامیده اند و اغلب مراجع و فضلای معاصر از افاضات علمی و رشحات فکری این مرد فضیلت و دانش، به صورت مستقیم یا غیر مستقیم بهره برده اند.
میرزای نائینی در اثر اطلاعات وسیع در علومی همچون ریاضی، حکمت، فلسفه و عرفان و احاطه به کلیات فقه، امتیازات خاصی میان علمای نجف اشرف داشت.