معنی کلمه مدرسه علمیه خلیلی در دانشنامه اسلامی
میرزاحسین خلیلی تهرانی در سال ۱۳۱۶ق با هزینه نیکوکاری ایرانی به نام «معتمدالدوله امیرپنج»، زمین مدرسه را خریداری نموده و بخشی از مدرسه را ساختمان کرد و سپس بخش دیگری از ساختمان را با هزینه نیکوکار ایرانی دیگری به نام «امیر تومان صمصام المُلک» تکمیل نمود و در نهایت، قسمت باقی مانده را نیز با هزینه «مجدالدوله جهانگیرخان» به اتمام رسانید. این مدرسه در منتهی الیه بازار عماره قرار داشت و ۶۰۰ مترمربع مساحت داشت و دارای ۵۰ حجره بود. در شمال شرقی مدرسه آرامگاه خلیلی و خاندان او قرار داشت.
مدرسه خلیلی به جهت موقعیت و مدیریت آن همواره مورد توجه طلاب قرار داشت و دارای فعالیت های مذهبی و سیاسی چشمگیری بود. برای نمونه در این مدرسه پس از اعلان خلع و فرار محمدعلی شاه قاجار در سال ۱۲۲۷ق و زوال استبداد صغیر، مجلس جشن باشکوهی برگزار گردید. همچنین از این مدرسه، ماهنامه ای به نام «مختارات اسلامیه» به سرپرستی سید عبدالکریم قزوینی منتشر می شد.