سیداقا خلیفه سلطانی

از دختران خاندان خلیفه سلطانی نیز چندتن به ازدواج پسران فتحعلی شاه درآمدند. سلطان احمد میرزا عضدالدوله پسر فتحعلی‌شاه می‌نویسد: «حاجیه آغا زوجه ظل‌السلطان، زن شیخ‌الملوک مادر نظرعلی میرزا و زن محمدرضا میرزا مادر رضاقلی میرزا و غیرها، در خدمت خاقان [فتحعلی‌شاه] بسیار احترام داشتند و چون نسبت خود را از جهتی به صفویه می‌رسانیدند، همگی خیلی اظهار تقدس و تکبر می‌کردند. تکبرشان هم به هدر نمی‌رفت و احترامشان در هر موقع به اعلا درجه ملاحظه می‌شد.»

سید محمد در شش سالگی پدرش را از دست داد و در کنار مادر و شاه سلطان حسین تربیت یافت، هنگام محاصره اصفهان به دستور شاه سلطان حسین او همراه با دو دختر شاه که یکی همسر میرزا سید مرتضی و دیگری همسر میرزا محمد مقیم خلیفه سلطانی بود مخفیانه از اصفهان خارج شد و به شاه تهماسب دوم پیوست.

در دوران قاجار، نوادگان صفوی از تبار خلیفه سلطان در اصفهان و نواحی اطراف آن، از جمله میمه، جرقویه(مالواجرد، محمدآباد) و نائین زندگی می‌کردند. تا به امروز نیز بسیاری از اعضای این خاندان با نام‌های شاه زاده صفوی، نواب صفوی، نواب صفا، صفوی‌نژاد، صفوی زاده، خلیفه سلطانی، مرعشی صفوی، صفوی سهی، طهماسبی ، نوابی و ... در شهرهای مختلف ایران و سایر نقاط دنیا زندگی می‌کنند.

از دوران شاه اسماعیل صفوی ارتباط نزدیکی میان دو سلسله صفوی و خاندان خلیفه سلطانی که از نوادگان سلسله مرعشیان مازندارن بودند، وجود داشت. از این خاندان سلطان‌العلماء آملی برای سالیان متمادی وزیر اعظم شاه عباس، شاه صفی و شاه عباس دوم بود. خلیفه سلطان داماد شاه عباس اول و فرزندان او نوه‌های دختری شاه عباس بودند. در نسل‌های بعدی ازدواج‌های متعددی میان خاندان صفوی و فامیل خلیفه‌سلطانی صورت گرفت. در زمان انقراض صفویه نسل خلیفه سلطان در ایران بسیار بودند و خود را جانشین شاهان صفوی می‌شمردند. از آن جمله میرزا سید محمد مرعشی، نوه دختری شاه سلیمان اول، که پس از عزل شاهرخ شاه افشار در صفر ۱۱۶۳ قمری در مشهد با نام شاه سلیمان دوم تاج‌گذاری کرد. اما چندماه بیشتر سلطنت نکرد و در ربیع‌الثانی همان سال توسط سردارانش عزل شد. کمتر از ۴ ماه بعد، در ۲۵ رجب ۱۱۶۳ ه‍.ق اتحادی سه‌گانه از سرداران (علیمردان خان چهارلنگ بختیاری، ابوالفتح خان بختیاری و کریم خان زند) یکی دیگر از اعضای خاندان خلیفه سلطان را به نام اسماعیل سوم در اصفهان به تخت نشاندند.