در میان معترضان، چهره مخالف جدیدی به نام روحالله موسوی خمینی خود را در اذهان، مطرح ساخت. این روحانی در مدرسه فیضیه قم به تدریس فلسفه و فقه میپرداخت. وی سخنرانیهای انتقادی خود را از سال ۱۳۴۱ آغاز کرده بود و در آن هنگام بیش از شصت سال داشت. خمینی این اصلاحات را بیش از هر چیز به سود شاه و سلطنت او و زمینهای برای نفوذ بیشتر آمریکا و اسرائیل به ایران میدانست. بنابراین او در نشست علمای قم، خواهان تحریم رفراندوم شد. شاه وارد قم شد تا نظر موافق علمای دین در مورد برنامههای خود را بگیرد. سرانجام این رفراندوم انجام شد و رسانههای دولتی خبر از تصویب آن با اکثریت آراء دادند.
در ۷ آذر ۱۳۴۱ اسدالله علم نخستوزیر وقت در تلگرافی به علمای قم، لغو مصوبه انجمنهای ایالتی و ولایتی را اعلام کرد.
با افزایش فشار به حکومت، سرانجام در آذر ماه، شاه و دولت از شرط سوگند خوردن به «کتاب» عقبنشینی کردند و دولت نیز بهصورت رسمی آن را اعلام کرد. خمینی که تا این زمان کمتر در خارج از حلقهٔ روحانیان شناخته شده بود، در راس نویسندگان نامهای قرار گرفت که این پیروزی را به رهبران مذهبی سراسر کشور تبریک گفتهبود. این حرکت هماهنگ علما که به «نهضت دوماههٔ روحانیون» شهرت یافت، اولین پیروزی سیاسی روحانیون ایران به رهبری خمینی بود. برخی از علمای قم این اقدام را کافی دانستند، اما خمینی اهداف پشت پردهٔ حکومت پهلوی و دخالت آمریکا و صهیونیسم در امور مملکت را طرح کرد. ابعاد و عمق مبارزات خمینی فراتر از لغو تصویبنامه بود. او در اعلامیهها و سخنرانی بعدی خود اعلام خطر کرد که اسلام و استقلال مملکت و اقتصاد ایران در معرض توطئهٔ صهیونیستهاست و تا رفع این خطرها نباید از پا نشست.
در جریان قیام ۱۳۰۶ حاج آقا نورالله نجفی اصفهانی وی همراه سید عبدالباقی شیرازی برای هماهنگی با علمای قم جهت مبارزه با سیاستهای ضد دینی رضاشاه، به صورت مخفیانه، راهی قم گردید تا با عبدالکریم حائری یزدی مذاکره نماید.
فتوای علما چنان تأثیری در مردم گذاشت که امکان برگزاری انتخابات را در شهرهایی چون نجف و کوفه سلب کرد. بعد از این رخدادها بود که بریتانیا زمینه تبعید مراجع دینی را تدارک دید و محمدحسین نائینی و سیدابوالحسن اصفهانی و میرزا محمدعلی شهرستانی را به ایران تبعید کرد. آن سه با استقبال پرشور مردم مذهبی ایران و علما و روحانیون شهرهای مختلف مخصوصاً علمای قم قرار گرفتند و سپس به برپایی جلسه درس و اقامه نماز جماعت پرداختند. سرانجام ملک فیصل در اثر فشار مردم و علما، مجبور به عذرخواهی از مراجع تبعید شده گردید و آن سه پس از یک سال دوری در سال ۱۳۰۲ خورشیدی (۱۳۴۲ قمری) به حوزه علمیه نجف بازگشتند. او در جریان جنگ جهانی اول از جمله روحانیونی بود که علیه بریتانیا اعلام جهاد کردند و پس از به قدرت رسیدن فیصل یکم نیز با او مخالفت کرده و انتخابات عمومی برای تشکیل مجلس مؤسسان را تحریم کرد و در اعتراض به تبعید شیخ مهدی خالصی در ۲۱ اسفند ۱۳۰۰ خوشیدی (۱۱ مارس ۱۹۲۲میلادی) از رهبران مخالفان ملک فیصل به حجاز به همراه تعداد دیگری از روحانیون به ایران مهاجرت کرد که پس از یکسال به نجف بازگشت.
پس از وصول تلگراف شاه، جلسهٔ مشترک مراجع و علمای قم تشکیل شد و تصمیم گرفتند تلگرافهایی به علم مخابره کنند. خمینی در ۱۳۴۱/۷/۲۸ تلگرافی برای اسدالله علم در خصوص انجمنهای ایالتی و ولایتی میفرستد.
دو روز پس از وقایع قم و حادثهٔ فیضیه، آیتاللهالعظمی حکیم، از نجف به علمای قم پیامی فرستاد و از آنها خواست برای حفظ جان خود و رونق بخشیدن به حوزههای علمیه دستهجمعی به نجف مهاجرت کنند. این پیام که به معنای حمایت از مراجع قم و تأیید نهضت آنها بود، عصبانیت شاه را برانگیخت. رئیس شهربانی قم به نمایندگی از او به خانهٔ مراجع رفت و از آنان خواست که «سکوت کنند» و «حوزهٔ علمیه را به سیاست آلوده نکنند».
سید حسین خمینی (نتیجۀ عبدالکریم حائری و نوۀ سید روحالله خمینی) در اینباره میگوید: جارچی فلکزدهای که قصد داشت از قرآنسوزی در آتشسوزی مسجد جلوگیری کند، به قرآنسوزی و کفر و بهایی بودن متهم میشود. حکومت، اعدام او را منوط به دریافت حکم از سوی علمای شهر میکند. مجلس بزرگی از علمای شهر جمع میشوند و اولین روحانی حکم مجازات را امضا میکند و سپس روحانیان دیگر تا زمانی که نوبت به حاج شیخ عبدالکریم برسد. او اما از امضا خودداری میکند و میگوید صدور این حکم حجت شرعی ندارد. این احتیاط پرهیزکارانه شیخ با طعنه مواجه میشود که «حاج شیخ هم بعله…» حاج شیخ دلش میگیرد و از اراک قصد زیارت مشهد میکند و سر راه از قم میگذرد. در قم به او اصرار میکنند که در شهر بماند و حوزه قم را احیا کند. شیخ پیشنهاد را رد میکند اما در بازگشت از مشهد علمای قم بار دیگر این پیشنهاد را تکرار میکنند و به یاد حاج شیخ میآورند روایات منسوب به امام زمان را که در آخرالزمان علم از قم طلوع میکند و به شیخ وعده یاری میدهند؛ و سرانجام شیخ عبدالکریم حائری در قم میماند و در ۱۳۰۱ خورشیدی حوزه علمیه قم را احیا میکند.
سرانجام دولت علم تسلیم خواست علماء و مردم شد و لایحهٔ انجمنهای ایالتی و ولایتی در جلسهٔ هفتم آذر ۱۳۴۱ در هیئت دولت لغو و خبر آن کتباً به مراجع قم ابلاغ شد. خمینی در نشستی با علمای قم، لغو این لایحه پشت درهای بسته را کافی ندانست و به نمایندگی از مراجع وقت، خواهان آن شد که خبر لغو آن بهطور رسمی و علنی اعلام شود. در نتیجهٔ این درخواست، فردای آن روز خبر لغو این لایحه در روزنامههای دولتی انعکاس یافت و ماجرای لایحهٔ انجمنهای ایالتی و ولایتی پایان یافت.