حفظ پیکربندی

سنتز بتا-پپتیدها می‌تواند چالش‌برانگیز باشد چرا که گروه‌های عاملی مختلفی روی کربن بتای آمینواسیدها قرار دارد و همین طور حفظ پیکربندی در صورت کایرال بودن کربن بتا دشوار است. کربن بتای β-آلانین، کایرال نیست اما اکثر β-آمینواسیدهای غول‌پیکر این ویژگی را ندارند و این موضوع ساخت آن‌ها را دشوارتر می‌کند. با این حال روش‌های ساخت موثری برای تولید β-آمینواسیدها ارائه شده است که اکثر آن‌ها مبتنی بر روش سنتز آرنت ایسترت هستند.