معنی کلمه پژوهشگاه حوزه و دانشگاه در دانشنامه آزاد فارسی
مرحلۀ اول (۱۳۶۱ـ۱۳۶۲). در این دوره پنج گروه کاری در زمینۀ اقتصاد، جامعه شناسی، حقوق و علوم سیاسی، روانشناسی و علوم تربیتی تأسیس و نشست های متعددی با حضور استادان حوزه و دانشگاه برگزار شد که حاصل آن در قالب ۱۷۹ جزوه منتشر شد.
مرحلۀ دوم (۱۳۶۲ـ۱۳۶۹). این دوره را باید دورۀ رکود نسبی دفتر دانست به گونه ای که فعالیت آن تنها در انتشار چند اثر انگشت شمار خلاصه می شود.
مرحلۀ سوم (۱۳۶۹ـ۱۳۷۸). در ۱۳۶۹ دفتر همکاری حوزه و دانشگاه رسماً به صورت یکی از نهادهای رسمی همکار با سازمان مطالعه و تدوین کتب علوم انسانی (سمت) درآمد. این امر تأثیر مثبتی در تحول سازمانی و آموزشی ـ پژوهشی دفتر به جا نهاد.
مرحلۀ چهارم (۱۳۷۸ـ۱۳۸۲). از آغاز ۱۳۷۸ دفتر همکاری حوزه و دانشگاه به پژوهشکده حوزه و دانشگاه تغییر نام یافت و دورۀ تازه ای از فعالیت پژوهشی خود را آغاز کرد. در این دوره علاوه بر گروه های یادشده، گروه فلسفه و کلام نیز تأسیس شد.
مرحلۀ پنجم (۱۳۸۲ـ۱۳۸۳). در این مرحله پژوهشکده حوزه و دانشگاه به «مؤسسۀ پژوهشی حوزه و دانشگاه» با دو پژوهشکده به نام های «پژوهشکدۀ علوم انسانی و اجتماعی» و «پژوهشکدۀ حکمت، تاریخ و دین پژوهی» تبدیل شد. همچنین پژوهشگاه در همین راستا موفق به دریافت مجوز دو نشریه تخصصی با عنوان های تربیت اسلامی و جستارهای اقتصادی شد که در قالب دو فصلنامه منتشر می شود.
مرحلۀ ششم (۱۳۸۳ به بعد). تبدیل مؤسسۀ پژوهشی به پژوهشگاه مشتمل بر سه پژوهشکده: ۱. پژوهشکده علوم اجتماعی، علوم تربیتی و روانشناسی ۲. پژوهشکدۀ تاریخ، فلسفه و مطالعات ادیان ۳. پژوهشکدۀ اقتصاد، مدیریت و حقوق.