در سه سالگی، پتگر را به مکتبخانه فرستادند و این دوره را ظرف ۲ سال به پایان برد. دورهٔ شش سالهٔ مدرسه را ظرف چهار سال طی کرد؛ در این حین شور و علاقهٔ او به نقاشی بیشتر میشد. با اصرار او پدرش تعدادی از نقاشیهای جعفر و اصغر را، با خود به هنرستان صنایع مستظرفه تبریز برد که زیر نظر میرمصور، از نقاشان معروف و مورد احترام آن روز اداره میشد. سنین ۹–۱۲ سالگی را در این هنرستان طی کرد و به نقاشی آبرنگ و رنگ روغن پرداخت و با رئالیسم از نوجوانی آشنا شد.
یکی از پاتوقهای مهم هنرمندان جوان، در آن دوره، کافه نادری در خیابان نادری تهران بود که درست در چند قدمی آموزشگاه جعفر پتگر قرار داشت.
در سال ۱۳۱۹، به همراه برادرش، علیاصغر پتگر، اولین آموزشگاه خصوصی نقاشی در ایران را (تهران- خیابان نادری) تأسیس کردند؛ و در جنب آفرینشهای هنری خود، به تعلیم و تربیت هنرجویان پرداختند. چند سال بعد جعفر پتگر به تنهایی آموزشگاهی در خیابان منوچهری تهران، و سپس چند سال بعد در خیابان هدایت تهران، تأسیس نمود.