کوه کمری

یکی از مهم‌ترین اقدامات او در شهر قم، معماری مدرسه حجّتیه بود. از آنجایی که این مدرسه در ابتدا ظرفیت کوچکی داشت، سید محمد حجت کوه کمری به خریداری چند هزار متر زمین مجاور آن اقدام کرد. پس از خریداری این زمین‌ها، طراحان و معماران متعددی از شهرهای مختلف ایران همچون تهران، به ارائهٔ طرح‌ها و نقشه‌های خود پرداختند اما هیچ‌کدام از آن‌ها مورد پسند سید حجت کوه کمری قرار نگرفت. تا اینکه سید محمد حسین طباطبایی طرح و نقشهٔ خود را ارائه کرد و پس از تأیید، ساختمان جدید این مدرسه، بر طبق آن نقشه ساخته شد.

این تفسیر از سوی آیت الله حجت کوه کمری احیا گردید.[نیازمند منبع]

پس از به پایان رساندن دوره سطح در حوزه علمیه تبریز، در سال ۱۳۲۱ برای ادامه تحصیل، به حوزه علمیه قم رفت؛ و در آنجا در درس فقه و اصول ، فیض، سید محمد حجت کوه کمری حاضر شد.

حائری یزدی علوم حوزوی را نزد روح‌الله خمینی، احمد خوانساری، میرزا مهدی آشتیانی، سید حسین طباطبایی بروجردی و سید محمد حجت کوه کمری فرا گرفت و پس از اخذ درجه اجتهاد به عنوان نماینده سید حسین طباطبایی بروجردی به آمریکا سفر کرد. او اولین شخصی بود که اجتهاد مطلق را از بروجردی دریافت می‌کرد. در آمریکا و کانادا هم به آموختن فلسفه غرب پرداخت و موفق به گرفتن درجه دکترا در رشته فلسفه تحلیلی با تز دکترای «علم حضوری، اصول معرفت‌شناسی در فلسفهٔ اسلامی» از دانشگاه تورنتو شد.