معنی کلمه دانشگاه مذاهب اسلامی در دانشنامه اسلامی
از آنجایی که مذاهب اسلامی جلوه ای از معرفت اجتهادی دین اسلام، بر پایه ی اصول و ضوابط مستند به قرآن و سنت هستند، حضرت امام خمینی رهبر کبیر انقلاب و بنیان گذار جمهوری اسلامی ایران رضوان الله تعالی علیه و همچنین مقام معظم رهبری حضرت آیت الله خامنه ای دامت برکاته و دیگر مقامات کشور همواره بر تأسیس نهادی که بر اساس وحدت امت اسلامی، اخوت و اعتلای مسلمین، رشد و نمو علمی ـ فرهنگی، تکامل اخلاقی و فکری و تعاون و تعاضد علمی میان مسلمانان باشد، تأکید داشتند.
مجمع جهانی تقریب مذاهب اسلامی نیز با همین انگیزه ی مقدس از سوی مقام معظم رهبری به وجود آمده است و هماهنگی و نزدیکی علمی و فقهی و گسترش و رشد اجتهاد در سطح مذاهب اسلامی را سرلوحه ی اهداف عالی خود قرار داده و در خط مشی خود بر آن تصریح و تأکید کرده است. از این رو، پس از تأسیس مجمع جهانی تقریب مذاهب اسلامی، معظم له (حضرت آیت الله خامنه ای) رهنمود تأسیس «دانشگاه مذاهب اسلامی» را زیر نظر مجمع ارائه فرمودند که اساسنامه ی آن تدوین و در سال ۱۳۷۱ مورد تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی قرار گرفت.
ابتدا نام این نهاد انقلابی «مجتمع عالی علوم و معارف اسلامی» بوده است که با نظر و مساعدت جناب آقای هاشمی رفسنجانی، رئیس جمهور وقت به دانشگاه مذاهب اسلامی تغییر نام داد.
دانشگاه مذاهب اسلامی برای اولین بار در سال ۱۳۷۴ به جذب دانشجو پرداخت و در ابتدا با رشته های فقه و مذاهب اسلامی: مالکی، حنبلی، زیدی، حنفی و امامی شروع به فعالیت کرد.
سال ۱۳۷۶ را می توان نقطه ی عطف این نهاد انقلابی دانست که با گسترش زمینه ی فعالیت این نهاد دانشکده های زیر به وجود آمد:
دانشجویان این دانشگاه ۱۳۵ واحد درسی را در سه مرحله ی عمومی، مشترک و تخصصی می گذرانند. این مؤسسه تا سال ۱۳۸۴ در مقطع کارشناسی جذب دانشجو می نمود، ولی در سال ۱۳۸۵ برای اولین بار به جذب دانشجو در سطح کارشناسی ارشد در سه رشته ی:
هدف از تأسیس این دانشگاه بر اساس اساسنامه به قرار ذیل است: