ساختار دوم

را تغییر نمی‌دهد، اما روش برگشت به عقب چندین مسیر مختلف در یک ساختار دوم ارائه می‌دهد که تمایز آن‌ها از نظر معنایی مبهم است.

را می دهند و این الگوریتم برگشت به عقب عملیاتی را انجام می‌دهد که مسیرهای بهینهٔ ساختار دوم را تولید می‌کند.

الگوریتم برگشت به عقب می‌تواند به دلایل تفاوت موارد الگوریتم زوکر، چندین مسیر برگشتی مختلف برای نمایش یک ساختار دوم یکسان بدهد. حالت‌های تمایز و نمایش از نظر معنایی مبهم هستند. برای مثال یک بازگشت

کل ساختار دوم یک زیررشته نامیده می‌شود و

ساختار دوم شامل ماکزیمم تعداد پیوندهای بازی است که می توانند توسط روش برگشت به عقب از خانهٔ

. مینیمم انرژی آزاد یک ساختار دوم بهینه به صورت بازگشتی برای همهٔ زیرتوالی‌های