آرویو قصد کاندیداتوری برای عنوان ریاست جمهوری در انتخابات سال ۱۹۹۸ را داشت، اما به توصیه رئیسجمهور وقت فیدل راموس و رهبران حزب حاکم برای پست معاون رئیسجمهور و شریک انتخاباتی خوزه دی ونسیا ثبت نام کرد (در نظام انتخاباتی فیلیپین رأیدهندگان بهطور جداگانه رئیسجمهور و معاون رئیسجمهور را انتخاب میکنند). در پایان هر چند جوزف استرادا هنرپیشه محبوب سابق فیلیپینی رئیسجمهور شد، ولی آرویو با سیزده میلیون رأی که نزدیک به دوبرابر نزدیکترین رقیبش ادگاردو آنگارا زوج استرادا و دو میلیون رأی بیش از استرادا بود به پست معاون رئیسجمهور برگزیده شد. او در ۳۰ ژوئن ۱۹۹۸ شغل جدید خود را آغاز کرد و همزمان با حکم استرادا اداره وزارتخانه توسعه و رفاه اجتماعی را نیز برعهده گرفت.
در سال 1907، برای شرکت در تقسیمات زمین به گالیسیا برگشت .وی اتحادیه کشاورزی در استرادا و دیگر مناطق گالیسیا تأسیس کرد.
در اکتبر ۲۰۰۰ استرادا توسط چاویت سینگسون استاندار ایلوکوس جنوبی به فساد متهم شد. وقتی استرادا با شکایت یک کاردینال مشهور فیلیپین به دادگاه فراخوانده شد، آرویو در رم به سر میبرد. او پس از آنکه از ژان پل دوم خواستار دعا برای کشورش شد، استعفای خود را اعلام کرد و به جمع مخالفان رئیسجمهور پیوست. آرویو در ۲۹ اکتبر ۲۰۰۰ در یک سخنرانی در دانشگاه اتنو دی مانیلا اعلام کرد که رهبری اعتراضات غیر خشونتآمیزی که خواستار استعفای استرادا بودند را برعهده میگیرد. آرویو در این دوران از سوی بسیاری از رهبران سیاسی و مذهبی مورد تحسین قرار گرفت، هرچند اتهامات و تهدیدات زیادی نیز علیه او صورت گرفت.
در مه ۲۰۰۱ وقتی استرادا دستگیر شد، حدود ۴۰ هزار نفر از طرفداران او شهر را به آشوب کشیده و به کاخ ریاستجمهوری هجوم آوردند. پس از سرکوب شدن معترضان آرویو با اعلام وضعیت اضطراری دستور دستگیری رهبران مخالفین را صادر کرد. وضعیت اضطراری یک هفته بعد پایان یافت.
در نهایت دیوان عالی فیلیپین در ۲۰ ژانویه ۲۰۰۱ برکناری استرادا از ریاستجمهوری را اعلام کرد پلیس و ارتش نیز پیش از آن حمایت خود را از استرادا قطع کرده بودند.