در تاریخ درگذشتِ محمد باقر اختلاف نظر وجود دارد. بیشتر مورخان سال ۱۱۴ یا ۱۱۷ ه.ق را ذکر کردهاند. اما منابعی چون تَواریخُ النَّبی و الْآل سالهای ۱۱۵، ۱۱۶ و ۱۱۸ ه.ق را هم ذکر کردهاند. یعقوبی سال درگذشتش را ۱۱۷ ه.ق در سن پنجاه و هشت سالگی ذکر کردهاست. دربارهٔ علت درگذشتش تردید وجود دارد. براساس روایتی، زید بن حسن پسرِ ارشدِ حسن مجتبی، پس از تلاشی ناموفق برای تصاحبِ میراث پیامبر، با محمد باقر اختلاف پیدا کرد و با زهرآگین کردنِ زینِ اسبی که باقر سوار بر آن از نزد هشام در دمشق به خانه بازمیگشت، او را مسموم کرد و باعث مرگش شد.